Hedelmäpuita ei välttämättä tarvitse leikata, mutta niitä voidaan leikata, jos tarve vaatii. Puun latvus voi olla niin tiivis, että hedelmät eivät saa riittävästi valoa ja ilmaa. Jos latvus on hyvin avonainen, hedelmistä tulee suurempia ja paremman makuisia, mutta niitä tulee vähemmän. Hedelmäpuun sairaat, kuolleet tai vaurioituneet oksat pitäisi aina poistaa heti. Samoin oksat, jotka hinkkaavat toisiaan tai ulottuvat niin pitkälle, että ne vaurioittavat muita runkoja. Poista myös juurivesat ja vesiversot. Leikkuun ajankohdalla ei ole niin suurta merkitystä. Omena- ja päärynäpuita voi periaatteessa leikata ympäri vuoden. Sen sijaan kirsikkapuut ja muut kivelliset hedelmäpuut on leikattava silloin, kun niiissä on lehdet ja vastustuskyky korkeimmillaan. Niitä ei kuitenkaan saa leikata kukintaaikaan, sillä muuten jäljelle jäävien oksien kukinta ylikuormittuu. Lisäksi monet suosittelevat puiden leikkaamista kuivaan aikaan, jotta sienitartuntojen vaara olisi pienempi. Leikkaatpa mitä hedelmäpuuta tahansa, leikkaa vain sen verran kuin on aivan välttämätöntä. Muuten puu luo joukon versoja, joita on leikattava vuosikausia, jotta ne saisi kasvamaan haluttuun muotoon.